Выпуск небольшого обновления вслед за крупным - обычная практика. В таком случае разработчики стремятся исправить грубейшие ошибки предыдущего релиза. После iOS 9.3 потребовалась версия iOS 9.3.1, поскольку миллионы пользователей испытывали в последние дни проблемы со ссылками, которые приводили к сбою системы.
Ошибка возникала не только в каких-то определённых приложениях. Она могла появиться в любом приложении, как фирменном, так и сторонних разработчиков, и коснулась как Safari, Почты, Сообщений и др., так и Chrome, Booking и других приложений. Apple не рассказала о мерах, предпринятых для устранения ошибки. По всей вероятности, они касались Universal Links и Shared Web Credentials, которые отвечают за обмен соответствующей информацией между системой и приложениями.
С обновлением до iOS 9.3.1 Apple представила и некоторые обновления безопасности, которых не было в iOS 9.3. Обновление доступно через соответствующую кнопку в меню. "Весит" оно порядка 20 Mбайт.