Да, войдёт. Высота радиатора кулера Noctua NH-L12 составляет 66 мм, когда в Cooltek CoolCube максимальная высота кулера ограничивается 80 мм.
Но лично я бы порекомендовал вам присмотреться к другой интересной модели - Thermalright AXP-200. Кулер спокойно поместится в корпус, при этом производительность у данной компактной модели очень хорошая.