Страница 5: Тесты: симуляция

Перейдем к приложениям из сферы высокопроизводительных вычислений High Performance Computing (HPC), таким как симуляция. LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. В тесте Mocassin используется симуляция метода Монте-Карло для представления ионизированной туманности в космосе. NAMD - симуляция молекулярной динамики.

Здесь требуется как можно больше потоков и ядер, поэтому мы включили Hyper-Threading. Мы выключили SNC2 за исключением симуляции LAMMPS.

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

20.000 атомов

нс/день
Больше - лучше

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

молекула родопсина

нс/день
Больше - лучше

Monte Carlo Simulation

Туманность 2019-03-24

Секунды
Меньше - лучше

NAMD - Scalable Molecular Dynamics

Симуляция ATPase (327.506 атомов)

дни/нс
Больше - лучше

И в данных приложениях, где число ядер решающим образом сказывается на производительности, новые процессоры Ice Lake обгоняют своих предшественников. В случае симуляции молекулярной динамики выигрыш более заметный, поскольку вместо симуляции 25 нс в день теперь результат составляет 39 нс в день. В зависимости от сложности модели можно получить весьма существенную экономию времени.