Во второй конфигурации видеокарты перегреваться не должны, так как они будут стоять не вплотную: слоты PCI-E x16 на материнской платы разнесены между собой, и между картами будет воздушная прослойка. Хотя, конечно, температуры будут выше обычного, поэтому дополнительный фронтальный вентилятор не помешал бы - не обязательно, но рекомендуется.
Устанавливать водяное охлаждение только для одной видеокарты смысла особого нет. Если уж ставить воду, то на всю систему целиком.